这部剧一共有三个版本的结局，而且设计非常巧妙。但在叛逆者原著小说中，主角的结局非常凄惨，主角林楠笙瘫痪了在病床上度过了他的下半生，在他即将要去世的时候，终于见到了女主角朱怡贞，最后他的心满意足地离开了这个世界。

但是在电视剧中编剧把这样悲惨的结局全部改编了，通过巧妙的设计给观众们呈现出了三个版本的结局，如果不仔细观察是无法看到这三个结局的。在最后一集中，林楠笙和朱怡贞在撤退的时候遇到了敌人王世安的追捕，在慌乱之中朱怡贞中枪了，林楠笙为了保护朱怡贞的安全，抱着女主跳入了河中，两个人在河水中被冲散了。

男主林楠笙是幸运的，他被河水冲到了一个小村庄，在那里他遇到了一个非常善良热心的老大哥长富。长富大哥对男主林楠笙特别好，他不仅把林楠笙从水里救了出来，还帮林楠笙打听女主朱怡贞的消息。不幸的是，无论长富大哥怎么打听都没有朱怡贞的消息，对林楠笙来说非常煎熬，但是也是支撑他活下去的动力。

后来上海解放了，林楠笙遇到了来小村庄宣传思想的解放军他祈求这些人帮他寻找出朱怡贞的下路，但是他们也没找到。因此到最后大家也不知道朱怡贞的消息，但是编剧给大家呈现出了三个完全不同的结局。

第一种就是悲剧收场，当林楠笙每次去询问其他人打听朱怡贞的下落时，他是非常痛苦的，因为他很后怕，他害怕女主角已经死亡可是大家不愿意告诉他。

第二种就是开放式结局，林楠笙穿着军装去见什么人，有一个没有露面的女生，一直在背后叫他，当林楠笙转过头时，露出了开心的笑容。还有一种就是林楠笙找到了朱怡贞，两个人幸福的生活在这个小村庄里。但是后面这两种结局很有可能只是林楠笙的幻想，而朱怡贞可能早就牺牲了。